12Avr
Christian Vachon
Sciences et technologies

Ces bactéries championnes de l’évolution

Les années 1960 ont marqué l’apogée de l’optimisme dans la lutte contre les parasites. Les antibiotiques avaient alors conquis la planète. Les grandes épidémies étaient sur le point, croyait-on, d’être éradiquées. « Le demi-siècle qui s’est écoulé a prouvé le contraire ». La balance penche clairement du côté de l’échec, avec la pandémie du SIDA et la généralisation du phénomène de résistance aux traitements antibiotiques. Des maladies infectieuses nouvelles ne cessent d’émerger (SRAS, grippe aviaire, Ebola, …). D’autres agents pathogènes pandémiques existent peut-être déjà. Même d’anciennes souches infectieuses qu’on croyait presque annihilées, comme celle de la tuberculose, deviennent plus résistantes. À quoi attribuer tout cela? « Il se trouve que les optimistes avaient oublié une variable dans l’équation : l’évolution ».

Les microbes, et en particulier les microbes parasites, évoluent plus rapidement que les animaux. Pire, c’est la souche la mieux adaptée, la plus virulente, favorisée par la sélection naturelle, qui va se propager dans la population. Samuel Alizon, chercheur au CNRS en France, spécialiste de l’évolution et de l’écologie des maladies infectieuses, nous en fait une démonstration claire dans C’est grave Dr Darwin? : l’évolution, les microbes et nous. Il s’agit d’un essai scientifique (très, mais pas trop) publié au Seuil dans sa collection de vulgarisation Science ouverte, solidement argumenté, truffé de statistiques et de données, posant bien des interrogations, et donnant, autant que possible, des réponses à ces interrogations (« Pourquoi la sélection naturelle n’a pas permis la mise en place d’un système de défense parfait contre toutes les infections? », « Pourquoi les parasites nous tuent-ils? », …), et, surtout, surtout très actuel. Ce livre doit servir de bougie d’allumage à un milieu médical qui fait trop confiance aux traitements antibiotiques pour lutter contre les maladies infectieuses sans se soucier suffisamment de la biologie de l’évolution.

« Il faut une compréhension globale de l’écologie et de l’évolution bactérienne ». Cet essai y parvient, même pour un lecteur, comme moi, qui n’est pas un professionnel de la santé. Samuel Alizon expose comment les maladies infectieuses apparaissent et évoluent, pourquoi la grippe revient tous les ans (parce que, à chaque année, elle est un peu différente), pourquoi certains antibiotiques cessent d’être efficaces, et bien d’autres éclairages de la biologie sur les questions sanitaires.

À l’origine de bien des contagions : une domestication de la faune et une urbanisation accrue de l’homme. « Les hommes ne se déplacent jamais seuls, ils emportent avec eux leurs parasites ». Les temps de propagation deviennent de plus en plus courts. À toutes les étapes de l’émergence de nouveaux parasites, le hasard a un rôle prépondérant. L’arrivée d’un nouveau virus, « c’est la faute à pas de chance ».

Alizon dresse un portrait d’un combat futile de la médecine qui ressemble fort à une course aux armements. Face à une souche virulente, les cliniciens vont tenter de lui opposer un antibiotique plus costaud, qui va faire évoluer la souche vers une virulence accrue (selon cette théorie de l’avirulence : « les parasites les mieux virulents, les plus favorisés »).

La théorie de l’évolution propose une autre façon de lutter, en tentant de comprendre l’origine des maladies infectieuses et, on peut l’espérer, de les maîtriser et d’imaginer des traitements. Des remèdes sont effectivement testés, Samuel Alizon nous en fournit des exemples, dont certains sont qualifiés d’evolution-proof comme la phagothérapie, ou la « lutte par les phages » (« en prendre un pour taper sur l’autre »), les phages étant les antidotes naturels aux infections par les bactéries. Cette forme de lutte biologique, pourtant ancienne (« un remède d’arrière- grand-mère »), était tombée en désuétude, entre autres pour des raisons idéologiques (elle était pratiquée dans cette « inquiétante » Union Soviétique lors de la Guerre froide). A-t-on trouvé la panacée idéale? Il faut y aller avec précaution. Comme pour les antibiotiques, se pose le problème de l’évolution de la résistance des bactéries aux phages. Il y a un risque aussi que les phages ne s’attaquent, en même temps qu’aux bactéries pathogènes, à certaines bactéries commensales qui en sont proches, « ce qui affaiblirait notre flore bactérienne utile ». Les antibiotiques, avec leur molécule inerte, demeurent plus rassurants qu’un phage bien vivant.

Autre application de la biologie : des moustiques génétiquement modifiés, des moustiques « OGM », utilisés pour lutter contre la propagation de virus (« les moustiques extrêmement bien adaptés aux conditions de la vie urbaine sont les principaux vecteurs de maladies infectieuses »), dont certains, tout récemment, contre le virus Zika. Ces moustiques sont « porteurs d’un gêne qui écourte nettement leur vie et celle de leur progéniture, qui meurt avant l’âge adulte ».

Cette politique expérimentale de santé publique – utiliser des parasites pour protéger des moustiques des parasites humains – peut paraître une bonne idée, mais peut avoir des conséquences néfastes à long terme, enclencher une nouvelle « course aux armements » : « des virus transmis par les moustiques protégés pourront évoluer vers une virulence accrue ».

À l’heure actuelle, Samuel Alizon en convient, « un traitement antibiotique reste le meilleur moyen de lutter contre une infection bactérienne tout en empêchant l’évolution de bactéries résistantes ». Il souhaite simplement que les évolutionnistes contribuent aux débats sur les politiques sanitaires, et non uniquement la médecine. « Pour répondre à des questions d’évolution qui touchent de près ou de loin à l’homme, on fait généralement appel à des médecins. Pourtant, leur formation ne les prépare pas à expliquer pourquoi notre main à cinq doigts et pas huit ».

Si le XXe siècle a été marqué par le développement des nouveaux traitements, le XXIe sera celui de la prise en compte de l’évolution dans la politique sanitaire, notamment avec une surveillance étroite des hôpitaux où se maximise la pression de sélection des souches résistantes; une politique qui doit être aussi mondiale : « les souches résistantes ne s’arrêtent pas aux frontières ». Même l’OMS (l’Organisation mondiale de la santé) a reconnu, qu’à grande échelle, l’échec des traitements était inéluctable du fait de l’évolution de la résistance.

La lutte peut paraître déséquilibrée : « nous sommes des milliards, ils sont des milliards de milliards de microbes ». Notre seul avantage est que nous sommes conscients de leur évolution et que nous pouvons l’anticiper.

À consulter :

— Samuel Alizon, C’est grave DR Darwin? : l’évolution, les microbes et nous, Seuil, coll. Science ouverte.

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